Η βιοψία του ενδοκαρδίου είναι μια επεμβατική πράξη η οποία γίνεται υπό τοπική αναισθησία και με την καθοδήγηση είτε ακτινοσκόπησης είτε με υπέρηχο καρδιάς. Η εξέταση αυτή είναι παρόμοια με το δεξιό καθετηριασμό και κάποιες φορές γίνονται την ίδια στιγμή. Η βιοψία συνίσταται να γίνεται σε ασθενείς που έχουν υποβληθεί σε μεταμόσχευση καρδιάς, καθώς επί του παρόντος είναι η ενδεδειγμένη εξέταση για έλεγχο πιθανής απόρριψης του μοσχεύματος. Επίσης, η βιοψία γίνεται και σε περιπτώσεις καρδιακής ανεπάρκειας για την ανεύρεση της αιτιολογίας.